부고환염 치료 주기는 비교적 길다. 그 자체의 많은 약이 약효를 부고환 부위로 직통시킬 수 없기 때문이다. 따라서 급성 부고환염이나 만성 부고환염이 있는 환자는 모두 비뇨외과에 가서 민감하고 효과적인 항생제로 장거리 치료를 해야 한다.
급성 부고환염이라면, 환자는 퀴놀론 항생제인 레보플록사신, 콜라가 타당하거나, 또는 두류 항생제, 두지니가 대증 치료를 받아야 하며, 적어도 2 주 이상 복용해야 하며, 필요한 경우 정맥주사 항생제가 필요하다. 만성부고환염이라면 적어도 항생제로 4 주 동안 치료해야 비교적 정확한 치료 효과를 얻을 수 있다. 환자 사이에 무단결약을 하면 부고환염이 계속될 수 있다.