전자레인지에 전자파가 있으면 방사선 손상을 일으킬 수 있지만, 이런 누출은 거의 미미하며 인체에 미치는 피해가 적다.
전자레인지는 시간과 노력을 절약하며 직장인 집에 꼭 필요한 주방용품이 되었지만 전자레인지로 음식을 조리하면 영양손실이 발생할 수 있으며 음식물 미네랄, 비타민, 영양소가 크게 감소하거나 발암물질로 전환되는 등 피해를 입을 수 있다.
전자레인지로 밀봉된 음식 (예: 봉지, 병, 통조림 식품, 껍데기, 껍질이 있는 식품) 을 가열하는 것은 엄격히 금지되어 있으며, 차차 가열을 통해 음식물을 평균 가열하고, 음식물 영양을 보존하고, 가열 과정에서 열이 집중되어 유독물질을 생산하는 것을 피해야 한다.