디그라돔 시퀀싱의 원리는 식물에 있는 대부분의 miRNA가 표적 유전자의 발현을 조절하기 위해 전단을 사용하며, miRNA와 mRNA 사이의 상보적 영역의 10번째 뉴클레오시드에서 전단이 종종 발생한다는 것입니다. . 표적 유전자를 절단하여 5' 절단 단편과 3' 절단 단편이라는 두 개의 단편을 생성합니다. 그중 3' 전단 단편에는 RNA 리가아제에 의해 사용될 수 있는 유리 5' 모노포스페이트와 3' 폴리A 꼬리가 포함되어 있으며 결찰 생성물은 5' 캡을 포함하는 완전한 유전자와 함께 하류 고처리량 시퀀싱에 사용될 수 있습니다. 구조에는 캡 구조가 포함되어 있습니다. 5' 모노포스페이트 그룹이 결여된 다른 RNA는 RNase에 의해 연결될 수 없으므로 시퀀싱 데이터의 심층 비교 및 분석을 통해 다운스트림 시퀀싱 실험에 들어갈 수 없습니다. mRNA 서열의 차이를 찾으면 miRNA 절단 부위 후보인 특정 부위에 피크가 나타납니다(전체 실험 과정은 오른쪽 그림 참조). 연구자들은 디그라돔 시퀀싱을 사용하여 생물정보학 예측의 한계를 없애고 실제로 miRNA의 표적 유전자를 실험적으로 발견했습니다.