속편은 없고 결말은 생명나무가 무너진다. 남은 뿌리는 롱기누스의 창으로 변했고, 그중에서도 롱기누스의 창은 '신을 죽이는 창'이 되었다.
A.T 역장을 직접 통과해 사도를 효과적으로 사살할 수 있는 유일한 무기, 그 복제품은 후기 극장판에 등장했다. 계획) EVA 양산기의 첫 번째 무기가 되었고, 아스카의 2호기 역시 양산기의 창에 의해 파괴되었다. ?
주요 줄거리
세계를 강타한 대재난 '세컨드 임팩트' 이후 폐허 위에 세계가 재건됐다. 14세 소년 이카리 신지는 아버지 이카리 겐토에 의해 신도쿄 3으로 부름을 받았다. 그는 아버지의 환영을 받을 것이라고 생각했지만 대신에 "사도"라는 거대한 생물이 군대와 불을 주고받는 것을 보았습니다. 위기에 처한 첩보기관 NERV의 카츠라기 미사토는 신지를 구출해 이카리 겐토가 이끄는 NERV 본부로 데려갔다.
그러나 신지를 맞이한 것은 아버지의 냉철한 명령이었다. 'EVA'라고 불리는 거대한 인간형 로봇을 몰아 사도들과 싸우라는 것이었다. 이미 거절하던 신지는 중상을 입은 대리운전사 아야나미 레이를 보고 아버지의 명령에 따르기로 결심한다. 이렇게 전투 훈련을 받아본 적도 없는 신지는 에바 1호기를 몰고 사도들과 대결할 준비를 한다.
세계의 운명이 14세 소년에게 맡겨지고, '세컨드 임팩트'에 숨겨진 '인간 완성 계획'이 본격적으로 시작된 듯하다.