존스는 2002년 드래프트에 참가해 1라운드 14순위로 인디애나 페이서스에 지명됐다. 충분한 출전 기회를 얻으세요. 첫해에는 19경기에 출전해 평균 득점 1.2점을 기록했습니다.
페이서스와 함께한 2년차에 존스는 82경기 중 81경기에 출전해 경기당 평균 거의 5득점을 기록했다. 게임당 10.6점이라는 좋은 결과를 얻었습니다. 존스는 올랜도 매직과의 경기에서 통산 최다인 31득점을 기록하기도 했다. 당시 페이서스 역시 이 득점자를 육성하기를 적극적으로 희망하고 있었다.
프레드 존스는 2004년 덩크 콘테스트에 참가했다. 뛰어난 활약으로 덩크 2관왕 제이슨 리처드슨의 트리플 크라운 꿈을 막고 덩크 콘테스트에서 단숨에 우승했다.
2004년 11월 23일 존스는 보스턴 셀틱스를 상대로 자신의 생애 첫 더블더블(16득점 10리바운드)을 기록했습니다.
2006년 여름, 토론토 랩터스는 프레드 존스와 계약했습니다.
2007년 2월 22일 랩터스는 프레드 존스를 포틀랜드 트레일 블레이저스의 후안 딕슨과 트레이드했습니다. 2007년 6월 28일 트레일 블레이저스는 채닝 프라이와 스티브 프란시스를 대신해 존스, 잭 랜돌프, 댄 디카우를 뉴욕 닉스로 트레이드했습니다. 존스는 인디애나에서 자신을 드래프트했던 아이제이아 토마스와 뉴욕에서 다시 만났지만 토마스는 옛 관계를 놓치지 않았고 시즌이 끝날 때까지 존스와의 계약을 갱신하지 않았다.
2008년 12월 28일. 로스앤젤레스 클리퍼스는 존스와 FA 계약을 맺고 8일 후에 그를 포기했습니다. 흥미로운 점은 클리퍼스가 존스와 10일 단기 계약을 맺은 뒤 시즌 종료까지 연장했다는 점이다.
2009년 8월 프레드 존스는 이탈리아 리그의 팔라카네스트로 비엘라와 계약했다.
2010년 11월 3일 CBA 광둥 사우스 차이나 타이거즈가 프레드 존스와 계약했지만 존스가 팀과 충분한 통합을 이루지 못했다는 이유로 2011년 1월 그를 포기했다.