형광펜의 원리는 빛 에너지를 흡수하여 원자의 에너지 수준 점프를 생성한 다음 흡수된 여분의 에너지를 방출하는 것이다.
펜 내부에 형광체가 섞여 있어 형광펜이라고 합니다. 그 자체는 빛을 내지 않고 형광체가 반사하는 빛이다.