고위복잡도 항문관은 항장과 수술의 난점이며 회복 시간이 길다. 치유 후 항내 흐르는 물은 상황이 될 수 있다. 우선 높은 항문관 수술 부위는 외부 괄약근 심부를 넘어야 하고, 수술 시 고무줄을 매달아 괄약근의 만성 절단을 하기 때문에 괄약근 손상, 기능 손상, 항문 구속에 영향을 줄 수 있으며, 때로는 희한하면 참지 못하는 현상으로 나타나거나 직장 내 장액 유출로 나타날 수 있다. 따라서 이 수술 후기에는 환자에게 항문 기능 단련을 적당히 해 회복을 촉진할 것을 요구한다. 둘째, 수술의 감염원 선택에 오차가 있거나 약을 바꿀 때 사강이 남아 국부도를 형성해 내맹루가 형성되는데, 이때 한동안 고름이 항문에서 흘러나오는 것으로 나타나 다시 수술해야 한다.