물고기는 물속에서 호흡을 통해 신진대사를 할 수 있는데, 주로 중요한 기관인 아가미를 가지고 있다. 아가미는 수중 호흡에 특별히 적응하는 구조이다. 물고기의 인후 양쪽에는 각각 네 개의 아가미가 있고, 각 아가미는 또 아가미와 비단으로 구성되어 있다. 숨을 쉴 때, 아가미 조각과 아가미 실크가 완전히 열리면 아가미와 물의 접촉 면적이 증가하고, 수중의 용존 산소와 결합될 가능성이 높아진다.
물고기는 물 속에 있고, 입은 한 장씩 닫혀 숨을 쉰다. 그것은 입을 열 때 물을 들이마시고, 아가미 뚜껑을 닫고, 입을 다물면 아가미 뚜껑을 열어 물이 흘러나오게 한다. 물이 뺨을 통과하는 과정에서, 물 속의 용존 산소는 아가미의 미혈관에 흡수되고, 동시에 이산화탄소를 물에 배출한다. 물고기가 일단 물을 떠나면, 그것의 아가미 조각과 아가미 실크가 서로 겹쳐져서, 제때에 산소를 얻어서 질식할 수 없다.
돌고래는 잠을 자면서 수영을 할 수 있다. 그것은 두 개의 뇌반구를 가지고 있는데, 10 여 분마다 두 개의 뇌반구가 번갈아 일하고, 한 명은 잠을 자고, 한 명은 정신을 차린다. 잠을 잘 수 있는 시간이 충분하여 수영의 자세를 끊임없이 변화시키고 있다. 그들은 계속 수영을 하지만 왼쪽과 오른쪽 뇌는 번갈아 가며 쉬고 있다.
또 다른 특별한 물고기, 폐어가 있다. 그것은 실러캔스와 비슷한 민물고기이다. 고대에 지구에서 대량으로 번식한 적이 있었는데, 지금도 그 인종을 보존하고 남긴 소수는 일종의' 활성화석' 이라고 할 수 있다. 턱은 자접식이다. 평소에는 아가미로 숨을 쉬는데, 말랐을 때 가오리로 숨을 쉴 수 있다. 가오리는 식도에 구멍이 있어 내부 콧구멍, 등지느러미, 엉덩이 지느러미, 꼬리지느러미가 함께 아물며 턱에 딱딱한 뼈가 없고 특별한 이빨판이 있다. 폐어는 연조직의 구조, 발육, 생리학, 행동에 있어서 현생 양서류와 가깝지만 다른 현생 어류와는 다르다. 예를 들어 미주 폐어는 성문과 식도를 잇는 쌍폐, 아가미, 아가미 혈관이 퇴화하고, 심장에는 2 심실이 있는데, 하나는 폐의 혈액을 받아들이고, 동맥송곳은 폐의 혈액을 아가미 부위의 혈액과 분리한다. 얼마 전 일부 학자들은 폐어가 연골, 뇌하수체 구조, 호르몬 성분, 수정체 단백질, 담즙염, 활근육 등을 가진 방면에서 현생 양서류와 가장 가깝다고 제안했다.