이 게임은 새로운 주인공 '마츠카제 텐마'의 새로운 모험을 그리고 '이나즈마 일레븐 3'의 주인공으로 라이몬 중학교에 온 소년 마츠카제 텐마의 10년 후 이야기를 그린다. 이야기. 하지만 이 이야기에서 축구는 예전만큼 대중적이지 않고, 축구 관리 조직인 '후쿠스이'에 의해 관리되고 통제되고 있는 축구의 미래 발전은 어떤 모습일까요? 전작의 주인공 엔도 모리호가 이끄는 일본 대표팀 '이나즈마 재팬'이 FFI(풋볼 프론티어 인터내셔널) 월드 시리즈에서 우승한 지 10년 후, 축구를 가장 사랑하는 소년 완펑 텐마는 이나즈마 텐을 동경했다. 엔도 등과 함께 라이몬 중학교에 입학해 라이몬 축구부에 입단했다. 그러나 당시 사회의 높은 평가를 받고 재능도 많았던 축구팀이 사라지면서 축구는 완전히 부패했다. 국가대표 축구는 무슨 이유에서인지 '제5섹터'라는 조직이 관리하고 있어, 그 지시를 따르지 않으면 경기를 할 수 없다. 그리고 "제5부"의 시드 플레이어인 엔조 쿄스케는 단 한 명으로 라이몬 축구팀 전체를 검게 이겼습니다. 그래서 축구의 정신을 되찾기 위해 뉴 라이몬 일레븐은 라이몬 축구팀의 코치가 된 엔도와 함께 싸우게 되는데...