9/11 이후 인류 사회는 타락과 멸망의 길에서 큰 소리로 전진하였다. 2013 년 모스크바, 런던, 상하이, 도쿄 등 국제대도시에서 9/11 을 뛰어넘는 테러가 잇따라 발생해 세계 정세가 위태로워졌다. 성화는 도쿄 일각의 소년도촌 조 (궁야진수 분) 에서 009 번 인조인으로 탄생한 목적은 세계 평화를 보호하는 것이었다. 이제 과거의 기억을 없앴던 그는 더 이상 혼자 있을 수 없었다. 일련의 우여곡절 끝에 그 해 파트너인 001 아이반 비스키 (옥천 사키 더빙), 002 제트 링거 (오노 대보우 더빙), 003 프랑수아 알다누 (사이토 천과 더빙), 003 초인간적인 능력을 가진 이들은 전례 없는 도전에 직면해 있다.