이번 대회는 원래 리비아가 주최할 예정이었지만 아프리카 축구연맹은 리비아의 국내 요인의 영향을 감안하여 개최권을 남아프리카공화국에 주기로 했다. 이는 리비아가 2013 년 아프리카 국가컵을 주최하지 않을 것임을 의미한다. 리비아는 나이지리아와 앙골라, 가봉과 적도 기니를 꺾고 개최권을 얻었다. 모잠비크, 나미비아, 짐바브웨, 세네갈에서 온 유치가 거부되어 결선 자격을 얻지 못했다. 아프리카 축구연맹 역사상 처음으로 3 회 연속 경기의 개최권을 동시에 공개했다. 앙골라가 주최 2010 아프리카 컵으로 선정됐고, 가봉/적도 기니가 2012 아프리카 컵의 주최자로 선정됐고, 2013 년 아프리카 국가컵 리비아가 주최로 선정됐다.
대회 우승회는 아프리카 축구연맹 대표로 2013 년 브라질에서 열린 국제축구연맹 연합회 축구 경기에 참가한다.