KOF의 이야기는 1997년 오로치를 물리치고 끝난 것 같다. K'는 쿠사나기 쿄와 야가미 이오리의 주역이기도 하다. K'는 N.E.S.T.S 조직에서 쿠사나기 쿄의 복제 프로젝트의 산물이다. KOF99는 다시 한번 전작의 성숙한 시스템을 버리고, 모드 선택이 없으며, 모든 캐릭터가 공통으로 최대 3개의 오브를 채울 수 있는 에너지 탱크로 변경된다. 그리고 에너지 슬롯 상속 시스템도 취소되었습니다. 긴급 회피 거리가 단축되고, 긴급 회피 시간이 빨라집니다. 그리고 뒤로 회피하면 약간 앞으로 점프합니다. 필살기와 초필살기를 동시에 취소할 수 있습니다. 또한 KOF 시리즈에서는 STRIKER와 SUPER CANCEL의 개념을 최초로 도입하고 폭발적인 반격 모드와 보호 모드를 추가합니다.
반격 모드에서는 플래시 이후 공격 시 필살기의 속도가 가속되며, 필살기는 초필살기를 취소할 수 있습니다. 슈퍼킬을 무제한으로 발사할 수 있으며, 슈퍼킬 공격 판단력이 강화되지만 이동속도가 느려진다. MAX를 사용하여 죽일 수 없습니다. 반격 모드가 사라지면 에너지 탱크도 일정 시간 동안 사라지며, 회복 후에만 재충전할 수 있습니다.
보호 모드에서는 슈퍼 킬 동작을 수행할 수 없으며, 특정 캐릭터는 플래시 후 공격 시 특수 동작을 취소할 수 있습니다. 공격을 받은 후에도 땅에 떨어지지 않으며 공격이 중단되지 않습니다.
전투 모드도 4VS4로 변경됐으며, 팀의 4인자가 지원 역할을 맡아 지원 공격을 가할 수 있는 혁신적인 지원 시스템이 활성화됐다.