어릴 때부터 연금술에 소질이 있었던 에드워드? 엘릭과 그의 동생 알폰스? 엘릭은 돌아가신 어머니를 부활시키기 위해 연금술의 가장 큰 금기를 어겼다. 결국 에드워드는 왼쪽 다리와 오른손을 잃었고, 알폰스는 온몸을 잃었고, 형은 자신의 오른팔을 대가로 동생의 영혼을 갑옷에 고정시켰고, 오른팔과 왼쪽 다리는 강철 의족' 기계 장갑' 으로 바꾼 에드워드는' 강철의 연금술사' 라고 불렸다. 알릭 형제는 각각 두 개의 다른 세계에 살고 있는데, 에드워드는' 문' 을 지나 기원 1923 년 독일 뮌헨으로 왔지만, 독일은 제 1 차 세계대전에서 패했고, 인플레이션과 민원이 들끓고, 사람들은 은밀히 이상적인 나라인' 향발라' 를 찾아다녔다. 칼? 후스호화가 이끄는 툴리 협회는 초자연적인 힘을 이용하여' 향발라' 로 가는 길을 열어 단일 민족을 만들어 세계를 정복하려는' 향발라' 를 찾는 조직이다. 이 비밀 조직은 에드워드가 그린 정련진을 이용하여 연금술 세계와 현실 세계를 연결하는' 문' 을 성공적으로 열었다. 두 세계가 의외로 연결되어 연금술 세계를 절대 위기에 빠뜨렸다. 한편 엘릭 형제가 만나는 숙원은 유례없는 세계 위기와 얽혀 있다.