이야기의 끝, 두 사람은 탑 꼭대기에서 만났고, A2는 9S에게 진실을 전했다. 2B의 진정한 모델은 요르하포스 "2E"이며, 9S는 그가 인간과 요르하포스에 대한 진실을 발견할 때마다 그를 처형할 것이다. 2B는 너무 괴로워서 A2를 통해 9S를 도와주고 싶어한다. 9S는 논리 바이러스에 감염되어 A2와 죽을 때까지 싸우고 싶어 미쳐버렸습니다. 그런 다음 플레이어는 제어할 캐릭터를 선택합니다.
세 번째 엔딩에서는 플레이어가 A2를 선택하면 9S가 패배한 후 A2가 논리 바이러스를 제거한 후 자신을 희생하여 타워를 파괴하고 보조 기계 042가 9S를 빼앗아갑니다. 네 번째 엔딩에서는 플레이어가 9S를 선택하면 두 사람은 서로 죽게 된다. 9S가 죽으면 기계 인공지능은 기계 생명체의 진화로 인해 타워의 기능이 바뀌어 더 이상 미사일을 발사하지 않는다고 알려준다. 그러나 아직 살아있는 아담과 이브를 포함하여 엘리트 종의 항공기를 포함하는 방주가 새로운 세계를 찾고 있습니다.
크레딧 도중 보조기 042와 153은 2B, 9S, A2의 데이터가 그대로 남아 있는 것을 발견하고 플레이어와 대화를 나눴다. 플레이어가 데이터 삭제에 동의하면 다섯 번째 엔딩이 실행됩니다. 보조 기계 042와 153이 기억과 신체를 복구합니다. 비록 세 사람이 다시 모든 것을 겪게 되지만, 보조 기계는 그들이 새로운 미래를 맞이할 것이라고 굳게 믿습니다.
추가 정보:
"NieR: Automata" 줄거리 시놉시스——
이 이야기는 파괴된 지구에서 먼 미래에 대한 이야기를 담고 있습니다. 이 이야기는 적 외계인이 보낸 기계 생명체와 인간이 보낸 안드로이드 "유르하" 군대 사이의 전투에 관한 것입니다. 외계인들이 갑자기 지구를 침공했고, 그들은 '기계생명체'라는 군대를 창설했다. 외계인의 압도적인 힘에 맞서 인간은 달로 도망쳤다.
지구를 탈환하기 위해 인류는 '전투 로봇'으로 구성된 전투 저항 조직을 창설했다. 전장의 교착상태를 타개하기 위해 인간은 최신 첨단 로봇 전사인 전투 유닛 '유르하'를 설계했습니다. 황폐하고 사람이 살지 않는 땅에서 기계 생명체와 로봇 전사 사이의 전투가 시작됩니다. 이 전쟁은 알려지지 않은 비밀을 밝혀내는 열쇠가 될 것입니다.