"미생물" 은: 미생물 시스템을 의미합니다. 마이크로생태계' 란 일정한 구조의 공간에서 정상 미생물군이 숙주 인간, 동물, 식물 조직, 세포 및 그 대사 산물을 환경으로 하여 장기 진화 과정에서 형성되는 물질, 에너지, 유전자가 서로 교류할 수 있는 통일된 생물 시스템을 말한다.
마이크로생태계 연구가 식어가는 가장 중요한 이유 중 하나는 생태이론의 급속한 발전, 생물다양성, 글로벌 변화, 지속 가능한 발전이 생태학 연구의 중심이 되고 있고, 마이크로생태계 이론은 연구의 필요성을 따라잡기 위해 큰 변화가 없기 때문에 점점 냉담해지고 있다. 더욱이 마이크로생태계 이론 체계 자체의 한계로 실험 결과의 신뢰도, 연구의 잣대 등에 대한 논란에 휘말리는 경우가 많다. 하지만 마이크로생태계 연구는 여전히 활력과 흡인력을 가지고 있으며, 그 연구의 진전에 관한 문헌은 전통적인 연구 분야와 생태학의 새로운 분야 연구에 대한 발전적인 시도를 하고 있다. 이는 마이크로생태계 이론이 여전히 발전하고 있으며, 생태학의 미래 연구에서 계속 중요한 역할을 할 것이며, 앞으로 나아가는 길의 어려움을 잘 해결할 것이라고 믿는다는 것을 보여준다.