게임은 토네이도가 휩쓸고 있는 스카이시티의 한 마을에서 시작됩니다. 젊은 학자 휴고(Hugo)가 이곳에 와서 '빛의 핵심'에 관한 전설을 언급했습니다. 갑자기 스카이랜더(플레이어)가 나타나 그를 도와 아직 마을에 갇혀 있는 주민들을 보호합니다.
게임이 진행되면서 플레이어는 게임의 배경을 어느 정도 이해하게 됩니다. 이곳은 스카이랜더들이 지키는 세계입니다. 스카이랜더의 각 그룹은 스카이랜더, 무기, 심지어 마법까지 순간이동하여 그들을 도울 수 있는 포털 마스터가 이끈다. Eon은 당시 마지막 Portal Master였습니다. 불행하게도 Kaos(Dark Portal Master)가 이끄는 일단의 어둠의 군대가 공격했고 그들은 "Core of Light"를 파괴하려고 했습니다. Eon은 저항하기 위해 Skylanders를 보냈고 그들은 Kaos의 군대보다 더 유능했습니다. 그러나 카오스는 거대한 괴물을 풀어 EON을 죽이고 빛의 핵심을 파괴했습니다. 더 심각한 사실은 포탈 마스터가 없었다면 스카이랜더들은 리더도 없이 스카이 시티에서 추방되었고, 그들 역시 마법의 힘을 잃고 봉인되었다는 점이다. 플레이어(새로운 Portal Master)는 빛의 핵심을 복원하는 임무를 맡습니다.