몽골 반부패수사국 (IAAC) 이 2012 년 4 월 체포했다. 국유자산인 공장과 호텔을 가족 소유로 불법으로 분류한 혐의를 받고 있기 때문이다. 당시 은헤바알은 "나 혼자만의 문제가 아니라 몽골 정치계 전체의 관례" 라고 말해 정치적 억압을 당했다고 주장했다. 그해 그는 국회의원 선거에 출마하려 했으나 법원 수사로 선거관리위원회에 의해 후보로 거부되었다. 구금 기간 동안 그는 단식 항의를 했고, 그와 친분이 있는 반기문 유엔 사무총장은 몽골 대통령에게 전화를 걸어 제대로 처리해야 한다고 호소했다.
재판에 회부된 은혁바알은 종심 판결에서 직권 남용 혐의로 2 년 6 개월의 유기징역을 선고받았다. 이후 수감기간 중 대부분 정부 고위 관리를 전문적으로 치료하는 제 2 종합병원에서 보냈고 지난해 8 월 건강상의 이유로 대통령을 사면했다.