애완동물 의료학과 수의학과는 모두 동물의학 분야에 속하지만, 그것들 사이에는 약간의 차이가 있다.
우선, 학습 내용 면에서 애완동물 의료전공은 애완동물내과, 외과, 피부과, 안과, 이비인후과 등 애완동물 질병의 진단과 치료에 더 중점을 두고 있다. 수의학과는 애완동물 의료뿐 아니라 가축, 가금류, 야생 동물 등 각종 동물의 질병 예방까지 포괄한다.
둘째, 취업방향에서 애완동물의료학과 졸업생은 주로 애완동물병원, 애완동물점, 애완동물식품회사 등에서 일하며 애완동물에게 의료 서비스를 제공한다. 수의학과 졸업생은 농업부문, 식품안전부문, 동물보호조직 등 여러 분야에서 일자리를 찾을 수 있다.
더욱이 공부난면에서 애완동물 의료전공은 수의과보다 학습 내용이 집중되고 전문성이 강하다. 수의학과는 습득해야 할 지식이 더 광범위하고 공부도 비교적 어렵다. 한편
사회수요면에서 사람들의 생활수준이 높아짐에 따라 애완동물에 대한 배려 수준도 높아지고 있어 애완동물 의료전문에 대한 사회적 수요도 해마다 증가하고 있다. 수의학과는 수요가 많지만 관련된 동물의 종류가 다양하기 때문에 작업 환경과 조건도 비교적 고달프다.
전반적으로 애완동물 의료학과 수의학과는 각자의 특징과 장점을 가지고 있으며, 어떤 전공을 선택하느냐는 개인의 취미와 직업계획에 달려 있다.