일반적으로 수컷의 등갑은 비교적 평평하고 암컷의 등갑은 비교적 포만합니다. 또한 수컷은 꼬리가 길고 암컷은 꼬리가 짧다. 또한 수컷은 뚜렷한 생식기를 가지고 있지만 암컷은 그렇지 않다.
진주거북의 성별이 아직 확실하지 않다면, 그들을 전문 애완동물 의사에게 데리고 가서 성별 검진을 하는 것을 고려해 볼 수 있다. 일반적으로 애완동물 의사는 진주거북의 생식기를 검사하여 성별을 확정한다.