이 영화는 스펀지 아기가 몇몇 파트너를 이끌고 바다로 나가 슈퍼히어로로 변신해 해적을 물리치고 게부르크 비법을 탈환하는 이야기를 담고 있다. 게부르크의 신비한 레시피를 둘러싸고 건달 사장과 게 사장이 새로운 전쟁을 벌였다. 스폰지밥은 깡패 사장의 폭력적인 공세를 물리치는 데 성공했지만 상대방에게 속았다. 결정적인 순간에 레시피가 허공에서 사라지고, 직접적인 결과는 아무도 게황색 성을 다시 만들 수 없다는 것이다. 매일 게부르크에 크게 의존하는 비키부르크 주민들에게 이 소식은 청천벽력과도 같다. 마을의 고요함은 사라지고, 해저 세계는 마지막 날의 혼란과 격동에 빠졌다. 스폰지밥은 불량배 사장을 구해서 반역자로 취급되었다. 위기의 순간에 스펀지 아기, 파이별, 불량배 주인, 게 주인, 햄스터, 문어형이 시공간을 가로질러 게 성의 냄새를 따라 인파로 몰려드는 해변에 왔다. 그곳에서 그들은 모략으로 비법을 훔치는 수염 해적을 만나 게황색 성의 공방전이 시작되었다.