1. 적마 사이트
적마는 이미 사람과 쥐의 shRNA 문고를 만들었고, 일부 유전자의 shRNA 서열이 이미 검증되었기 때문에 적마가 검증한 RNAi 서열을 직접 사용하는 것이 가장 편리하다.
먼저 웹 사이트/life-science/functional-genomics-and-RNAi/SiRNA/mission-predesigned-sirna.how 를 엽니다
제품에서 shRNA 옵션을 찾아 클릭하면 다음과 같은 인터페이스가 나타납니다.
"Mission shRNA 느린 바이러스 변환 입자" 행의 가격을 클릭하면 대상 유전자의 shRNA 를 보여주는 팝업 인터페이스가 나타납니다.
그것이 나타났을 때, 축하합니다. 이 유전자는 이미 시그마에 의해 검증되었고, 검증된 sigma 를 찾아 느린 바이러스를 만들 수 있습니다. 간단하고 효과적이며, 효율을 없애는 것은 기본적으로 보장됩니다. (데이비드 아셀, Northern Exposure (미국 TV 드라마), 성공명언) 검증된 shRNA 가 없는 경우 필요에 따라 더 많은 shRNA 를 선택하여 효과적인 목표를 필터링할 수 있습니다. 팁: 변쇼는 CDS 구역의 shRNA 를 선택하는 경향이 있으며, 3UTR 은 기본적으로 선택되지 않습니다. 각 shRNA 는 NCBI 에 BLAST 를 올려 표적의 특이성을 보장합니다. Blast 비교를 통해 FLI 1 의 다음 두 가지 shRNA 유전자가 선택되었음을 최종적으로 확인했습니다.
특히 이를 느린 바이러스 벡터로 구축하려면 벡터에 따라 합성된 shRNA 프라이머가 약간 다르다는 점을 유의해야 한다. 시그마는 pLKO. 1 캐리어를 사용하며, 변쇼는 일반적으로 SBI 의 pGreenPuro(CMV) 캐리어를 사용하며, 양쪽 끝의 제한 지점은 BamHI/EcoRI 입니다. 디자인 프라이머는 다음과 같습니다 (중간 빨간색 부분 대신 다른 shRNA).
Sense: gatccctcttctgacatctacatcttcgaggaggattgtcagaggtttttg
안티센스: aattcaaaccttccttgacctacctaccttcgaggaggattgtcagaggg
2. 생명 공학 웹 사이트
Life Technologies 에는 매우 유용한 온라인 shRNA 디자인 소프트웨어가 있어 조작이 매우 간편하여 설계된 shRNA 를 NCBI 에서 폭파하지 않고도 직접 사용할 수 있습니다.
먼저 웹 사이트: /rnaiexpress/ 를 열고 Target Design Options 에서 shRNA 를 선택하고 Fli 1 을 예로 들어 로그인 번호나 뉴클레오티드 시퀀스를 입력합니다. 다른 조건은 변경되지 않습니다.
RNAi 디자인을 클릭하면 추천 10 타겟 시퀀스가 나타납니다.
스타 순위에 따라 원하는 것 (보통 청화 4 개, 위치마다 1 개) 을 선택해 shRNA Oligos 디자인을 클릭한다.
그런 다음 기본 링 시퀀스에서 적절한 시퀀스 (PGREEENPURO 에 사용되는 캐리어는 pGreenPuro 이며, 이 시퀀스는 기본적으로 없고 나중에 합성할 때 제거됨) 를 선택하고 사용자 정의 링 시퀀스에 CTCGAG 를 입력하고 디자인을 클릭합니다.
ShRNA 를 찾아가다
알림: 합성 프라이머는 미세 조정이 필요합니다. 캐리어의 요구 사항에 따라 시그마의 디자인과 마찬가지로 앞뒤에 제한 부위를 추가해 마무리해야 합니다.