불법 어업은 물고기를 잡을 때, 어떤 물고기의 크기가 직접 물고기를 가져가서, 물 속의 물고기의 수를 현저히 감소시킬 수 있기 때문에, 물고기에게 매우 심각한 해를 끼칠 수 있다. 그리고 어떤 사람들은 전기포어기로 물고기를 잡는데, 순식간에 방출되는 전기는 대량의 물고기를 전기적으로 죽일 수 있다. 어떤 물고기는 요행으로 탈출할 수 있으며, 살아남으면 번식력을 잃고 물의 활력을 잃게 된다. 물 속의 물고기는 점점 적어지고, 이것은 생태 균형을 손상시킬 것이다.
불법 어업도 수역을 오염시킬 수 있다. 불법 어업은 물고기의 번식에 영향을 줄 뿐만 아니라, 물에서 자라는 많은 연체동물에게도 파괴적인 피해를 입힐 수 있다. 대부분의 불법 어업은 전기 어업 장치를 사용하기 때문에 전류가 흐르면 물 속의 산소가 고갈되어 물이 진공하게 되므로 물 속의 물고기, 새우, 조류, 플랑크톤이 모두 죽게 된다. 그들의 시체가 물에 썩어 변질되면, 수역에 심각한 오염을 초래하여 수역의 생태 순환에 영향을 줄 수 있다.
불법 어획은 물 속의 조류를 파괴하여 이 조류들이 이상하게 자라게 할 수도 있다. 해조류 식물도 수역의 생태 균형에서 매우 중요한 역할을 한다. 그들은 수생 어류에 음식을 제공할 수 있다. 이 조류 식물들이 파괴되면 일부 어류들은 먹을 음식이 없을 것이며, 생태 균형을 깨고 먹이사슬을 파괴할 수도 있다. 시간이 지나면 자연의 생물 사슬이 끊어지고 생태 환경이 크게 파괴될 것이다.
불법 어획은 생태 환경을 파괴하고 생태 균형에 영향을 줄 뿐만 아니라 인체 건강에도 영향을 미친다. 불법 어획에 사용되는 전어장치는 어류에 심각한 피해를 줄 수 있기 때문이다. 전기충격으로 사망한 이 물고기들은 인체에 해로운 물질을 생산한다. 이런 생선을 자주 먹으면 건강을 해치고 여러 장기의 기능을 손상시키며 다양한 질병을 일으킬 수 있다.